Automatic annotation of cellular data

Life scientists often need to count cells in microscopy images, which is very tedious and a time consuming task. Henceforth, automatic approaches can be a solution to this problem. Several works have been devised for this issue, but the majority of these approaches degrade their performance in case of cell overlapping. In this dissertation we propose a method to determine the position of macrophages and parasites in uorescence images of Leishmania-infected macrophages. The proposed strategy is mainly based on blob detection, clustering and separation using concave regions of the cells' contour. By carrying out a comparison with other approaches that also addressed this type of images, we concluded that the proposed methodology achieves better performance in the automatic annotation of Leishmania infections.A anotação de células é uma tarefa comum a diversas áreas da investigação biomédica. Normalmente, esta tarefa é realizada de forma manual, sendo um processo demorado, cansativo e propício a erros. Neste trabalho, focamos o nosso interesse na anotação de imagens de uorescência com infeções de Leishmania, que representa um destes casos. Leishmania são parasitas unicelulares que infectam mamíferos, sendo responsáveis por um conjunto de doenças conhecidas por leishmanioses. Leishmania usam vertebrados como hospedeiros residindo dentro dos seus macrófagos. Por conseguinte, um modelo adequado para o estudo destes parasitas é infectar in vitro culturas de macrófagos. A capacidade de sobrevivência/replicação da Leishmania nessas condições arti - ciais pode então ser avaliada por parâmetros, como, por exemplo, a percentagem de macrófagos infectados, o número médio de parasitas por macrófagos infectados e o índice de infeção. Essas métricas são geralmente determinadas pela contagem de parasitas e macrófagos ao microscópio. Ambos os tipos de células podem ser facilmente distinguidos com base no seu tamanho e cor, resultante de diferentes a nidades de corantes uorescentes. A passagem desta tarefa do microscópio para o computador já foi conseguida através de aplicações como o CellNote, contudo, apesar de mais fácil e interativa, a anotação continua a ser manual. A evolução da abordagem manual para um processo automático representa um passo natural e lógico, constituindo o principal objetivo deste trabalho. Para isto iniciámos a investigação pela revisão dos principais métodos de deteção e contagem celular. As características das imagens com infeções de Leishmania impossibilitam a utilização dos métodos estudados, de tal modo que optámos por desenvolver uma nova abordagem, capaz de lidar com as várias especi cidades destas imagens. Também durante o processo de revis ão de literatura analisámos os dois métodos previamente propostos para realizar a anotação automática de infeções de Leishmania. Estes revelaram um desempenho abaixo do requerido pelos parasitologistas, justi cando também o desenvolvimento de uma nova abordagem. Durante a concepção do sistema investigámos diversas técnicas de deteção celular, onde a deteção de blobs se destacou pelos resultados positivos. Para segmentar as regiões citoplasmáticas optámos pela utilização de algoritmos de clustering. Estes não foram capazes de solucionar casos em que existia sobreposição de estruturas celulares, motivando assim o método de separação desenvolvido. Este método baseia-se maioritariamente na análise de contorno, sendo as suas concavidades geradoras de separação entre citoplasmas. Através da combinação destas fases foi possível detetar macrófagos e parasitas com mais precisão. Para con rmar esta conclusão testámos não só a nossa abordagem mas também as duas abordagens previamente desenvolvidas para este problema. Os desempenhos alcançados evidenciam não só uma melhoria comparativamente às restantes abordagens como também mostram que a nossa abordagem assegura resultados satisfatórios comparativamente aos obtidos manualmente. Em suma, o trabalho desenvolvido produziu um sistema capaz de realizar a anotação automática de imagens de uorescência com infeções de Leishmania, tendo originado um artigo aceite para publicação na conferência International Conference on Image Analysis and Recognition (ICIAR) 2013

The new challenges faced by media business models. An interview with Michael Greenspon

JOCIS interviewed Michael Greenspon, the general manager of NYT Licensing and print innovation for The New York Times at WAN-IFRA conference

the case of Sumol+Compal in Angola

This study will present several expansion strategies to Angola that will help SUMOL+COMPAL growing in dimension and operational profit. Given the delicate economic situation that Angola currently faces, the solutions presented will help overcoming such difficulties. These were formulated using qualitative methods (interviews) and a documentary analysis. This thesis firstly explored a contextualizing approach, followed by some practical cases and concluding with the five recommendations: Nutrient Water, Múcua Juice, Isotonic Drinks, Exportation of Drinks to Congo and Agricultural Process. The implications of these solutions were described by a board member as excellent contributes for the compan

Sobre la metáfora operante de los «claros del bosque» en Ortega y Gasset, Martin Heidegger y María Zambrano

En este artículo se pretende llevar a cabo un análisis comparado de la metáfora de los claros del bosque en el pensamiento de los filósofos María Zambrano, José Ortega y Gasset y Martin Heidegger trayendo a colación no solo los puntos de encuentro, sino también las sendas divergentes de los tres pensadores.The current article provides a comparative analysis of the metaphor forest glade in the work of the philosophers María Zambrano, José Ortega y Gasset and Martin Heidegger. The comparison not only reveals common ground but also the different paths the three thinkers pursue

Al encuentro del ser recibido La fenomenología del sueño de María Zambrano en el Asesoramiento Ético y Filosófico

Este artículo pretende mostrar de qué forma la fenomenología del sueño de María Zambrano se convierte en el eje principal de la sexta instancia del método de Asesoramiento Filosófico Raciovitalismo Poético.This article intends to show how María Zambrano's phenomenology of dreams becomes the principal item of the six instance of the philosophical counseling method Poetical Ratiovitalism

Cognitive diversity and team creativity: knowledge sharing and sharing information as moderators

Purpose: With the demand for cognitive diversity in the workplace growing every day, it is important to analyse the impacts of that diversity regarding the performance of a team. As creativity being regarded as a major asset in any corporation, it is crucial to inspect the relationship between diversity and creativity, but also the possible moderators between cognitive diversity and creativity. For that reason, in this study knowledge sharing and sharing information are examined as those possible moderators. Methodology: A sample composed of 46 teams, 168 individuals, from different consultancy and auditing companies is used. The data collection was gathered through two surveys, one directed to team leaders and the other aimed for the members of the respective teams. This was done in order to get the viewpoint of the leaders and the members, thus having a more complete and unbiased study. Data at team level were analyzed using a mediation model, macro PROCESS Hayes (2018). Findings: The results obtained show that there is a negative relationship between cognitive diversity and team creativity and that there is no significant proof that knowledge sharing and sharing information work as moderators of that relationship.Objetivo: Sendo diversidade cognitiva cada vez mais cobiçada no mundo do trabalho, é relevante analisar o seu impacto no desempenho de uma equipa, nomeadamente a criatividade de equipa. A criatividade é vista como um dos maiores trunfos que qualquer empresa pode ter, por isso é crucial investigar a relação entre diversidade cognitiva e criatividade, bem como os possíveis moderadores dessa relação. Neste estudo, a partilha de conhecimento e a partilha de informação são examinadas como potenciais moderadores. Método: A amostra é composta por 46 equipas, 168 indivíduos, de diferentes empresas de consultadoria e auditoria. Os dados foram recolhidos através de dois questionários, um direcionado ao líder de equipa e o segundo aos respetivos membros dessas equipas, com o intuito de obter perspetivas separadas, fazendo assim, uma análise mais completa e imparcial. Para analisarmos as hipóteses, utilizamos um modelo de mediação da macro PROCESS de Hayes (2018). Resultados: Os resultados obtidos mostram que existe uma relação negativa entre diversidade cognitiva e criatividade de equipa, e que não há provas significativas que partilha de conhecimento e partilha de informação trabalhem como moderadores dessa relação

Impacto da rede de distribuição eléctrica nas aves selvagens em Portugal

Mestrado em Biologia AplicadaA interacção das populações de aves selvagens de Portugal com a rede de distribuição de energia eléctrica foi avaliada entre 2003 e 2008, com o objectivo principal de contribuir para compatibilizar o serviço de fornecimento de energia e a conservação. Foi realizada uma caracterização global dos impactos da colisão e da electrocussão, tendo em conta as tipologias de linhas, os habitats atravessados e a época do ano das amostragens. Foi também feita uma avaliação da eficácia de diferentes equipamentos de minimização da colisão e da electrocussão de aves. No total foram amostrados 1028km de linhas de média e alta tensão. O valor médio da taxa estimada de mortalidade foi de 2,93 aves por quilómetro e por ano para a colisão e de 0,31 aves por apoio por ano para a electrocussão. Os resultados obtidos e as influências dos parâmetros técnicos e ambientais na mortalidade, são coerentes com os dados referidos na maioria dos estudos publicados. As correcções efectuadas pela Electricidade de Portugal - Distribuição, em troços de linhas em operação, foram responsáveis por uma redução geral da mortalidade entre os períodos antes e depois das intervenções. As medidas excepcionais de minimização aplicadas em linhas novas tiveram também um efeito positivo, quando comparadas com linhas de construção padrão próximas. A mais valia deste estudo é sobretudo a quantificação da expressão da interacção entre as aves e a rede de distribuição de energia em Portugal. Esta quantificação permite justificar a introdução de novos procedimentos e tecnologias, que se sabe serem menos impactantes e alterar as prioridades do operador para acções de manutenção e substituição de troços de linhas em fim de vida útil. Do ponto de vista do estado português, a quantificação obtida permite tomar decisões mais informadas sobre o condicionamento de construção de linhas em áreas classificadas.The interaction between the wild bird populations and the Portuguese distribution power grid was evaluated between 2003 and 2008. The main objective of this study is to be a contribution to the conciliation of the distribution of electrical energy and the conservation of birds. It was made a general characterization of the effects of collision and electrocution, considering the types of pylons, the habitats where the power lines are developed and the seasons of the year. Additionally it was conducted an evaluation of the success of different equipments to reduce mortality. A total of 1028km of medium and high tension power lines were sampled. The average value for the estimated mortality rate was 2,93 birds/km/year for collision and 0,31 birds/pylon/year for electrocution. The obtained results and the influence of technical and environmental variables were consistent with most published data. The interventions that Electricidade de Portugal- Distribuição made in operating power lines reduced general mortality between the transepts surveyed before and after the corrections. The new lines with exceptional measures for protection of birds also had lower mortality rates than neighboring lines with standard pylon designs. The novelty of this study is the quantification of the interaction of birds with power lines in a considerable size sample of Portuguese territory. This information justifies the introduction of new procedures and technologies that have proven less impact for birds. It also allows the operator to change priorities of maintenance and replacement of power lines at the end of their service life. In the Portuguese government perspective the obtained data allows more informed decisions about limitations and interdiction of construction of new lines in protected areas